Elena Mendoza wurde 1973 in Sevilla, Spanien, geboren. Sie studierte Germanistik in ihrer Heimatstadt, Klavier und Komposition in Zaragoza bei Teresa Catalán, in Augsburg bei John Van Buren, in Düsseldorf bei Manfred Trojahn und in Berlin bei Hanspeter Kyburz. Es folgten mehrere Stipendien, u. a. an der Ensemble Modern Akademie in Frankfurt/Main. Aktuell lebt und arbeitet sie in Berlin. An der dortigen Universität der Künste ist sie Professorin für Komposition.
Ihr Interesse gilt besonders klangfarblichen und dramaturgischen Fragen in instrumentaler Komposition. Einen besonderen Stellenwert haben in ihrer Arbeit außerdem das Musiktheater und die musikalischen Möglichkeiten von Sprache. In dieser Hinsicht hat sie 2007 mit der Musiktheaterproduktion Niebla (Europäisches Zentrum der Künste Dresden Hellerau) in enger Zusammenarbeit mit dem Regisseur Matthias Rebstock maßgebliche Akzente gesetzt. Mit dem selben Regisseur hat sie auch La ciudad de las mentiras, über Texte von Juan Carlos Onetti, als Auftrag von Gerard Mortier für das Teatro Real Madrid realisiert. Ihr drittes gemeinsames Stück im Auftrag der Musikfestspiele Schwetzingen ist bereits in der Entwicklung.
Sie hat mit Interpreten wie ensemble recherche, Klangforum Wien, Ensemble Modern, Vogler-Quartett, Ensemble Mosaik, Ensemble emex, Ensemble Taller Sonoro, Neue Vocalsolisten Stuttgart, Ensemble Ascolta, KNM Berlin, Ensemble espai sonor, Oper Nürnberg, Philharmonisches Orchester Freiburg, Orquesta Sinfónica de Madrid, Real Orquesta Sinfónica de Sevilla u. a. zusammengearbeitet.
Ihre Musik wurde in Festivals wie Ars Musica Brüssel, Wittener Tage für neue Kammermusik, Eclat Stuttgart, MärzMusik Berlin, Dresdner Tage der Zeitgenössischen Musik, Ultraschall Berlin, Nous Sons Barcelona, Acanthes Metz, Steirischer Herbst Graz, Musica Viva München oder musicadhoy Madrid vorgestellt. Sie erhielt zahlreiche Auszeichnungen, beispielsweise die Fellowship an der Akademie Schloß Solitude (2008), den Musikpreis Salzburg 2011 (Förderungspreis), den Kunstpreis Berlin 2017 oder den spanischen Premio Nacional de Música 2010.
Ihre instrumentale Kammermusik ist auf einer CD beim label Kairos zu hören (2008), in Zusammenarbeit mit musicadhoy (Madrid) und Deutschlandradio Kultur. Eine andere CD mit Szenen von Niebla, begleitet von Fe de erratas und Gramática de lo indecible, ist 2011 beim Label Wergo erschienen, in Zusammenarbeit mit Deutschlandradio Kultur und Deutscher Musikrat.
Seit 2009 erscheinen ihre Partituren bei Edition Peters.